Tytuł
Thermodynamic, structural and fluorescent characteristics of DNA hairpins containing functionalized pyrrolo-2′-deoxycytidines
Autorzy
[ 1 ] Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, Polska Akademia Nauk | [ P ] pracownik
Dyscyplina naukowa (Ustawa 2.0)
Rok publikacji
2017
Opublikowano w
Typ artykułu
artykuł naukowy
Język publikacji
angielski
Słowa kluczowe
Streszczenie
EN
Herein, we present comprehensive physicochemical and structural analysis of various DNA hairpins modified with pyrrolo-2′-deoxycytidine (Py-dC) derivatives. The introduction of modified Py-dC in most cases causes minor decrease of hairpin thermodynamic stability. The energetically unfavorable effect is more pronounced when modified residue is present within hairpin loop. Our studies indicate that thermodynamic effects induced by all Py-dC derivatives are net results of increased stacking interactions caused by larger surface of pyrrolo-2′-deoxycytidine aromatic ring and unfavorable effect implied by the presence of additional side chains. The CD spectra of all modified hairpins are similar to unmodified hairpin indicating that the presence of Py-dC derivatives does not disrupt the secondary structure of DNA. Interestingly, the presence of various side chains can increase fluorescent discrimination of paired and unpaired regions of DNA. The fluorescence observed for hairpins modified within loop is significantly quenched when Py-dC derivative is present in the stem region.
Strony (od-do)
294 - 298
Punktacja Ministerstwa / czasopismo
25
Punktacja Ministerstwa / czasopismo w ewaluacji 2017-2021
25
Ten serwis działa dzięki oprogramowaniu SINUS
opracowanemu przez Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe
Zaloguj się, aby dodać do SIN: