Tytuł
Unraveling the structural basis for the exceptional stability of RNA G-quadruplexes capped by a uridine tetrad at the 3′ terminus
Autorzy
[ 1 ] Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, Polska Akademia Nauk | [ P ] pracownik
Dyscyplina naukowa (Ustawa 2.0)
Rok publikacji
2018
Typ artykułu
artykuł naukowy
Język publikacji
angielski
Słowa kluczowe
Streszczenie
EN Uridine tetrads (U-tetrads) are a structural element encountered in RNA G-quadruplexes, for example, in the structures formed by the biologically relevant human telomeric repeat RNA. For these molecules, an unexpectedly strong stabilizing influence of a U-tetrad forming at the 3' terminus of a quadruplex was reported. Here we present the high-resolution solution NMR structure of the r(UGGUGGU)(4) quadruplex which, in our opinion, provides an explanation for this stabilization. Our structure features a distinctive, abrupt chain reversal just prior to the 3' uridine tetrad. Similar "reversed U-tetrads" were already observed in the crystalline phase. However, our NMR structure coupled with extensive explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations identifies some key features of this motif that up to now remained overlooked. These include the presence of an exceptionally stable 2'OH to phosphate hydrogen bond, as well as the formation of an additional K+ binding pocket in the quadruplex groove.
Strony (od-do)
121 - 134
Typ licencji
CC BY-NC (uznanie autorstwa - użycie niekomercyjne)
Wersja tekstu w otwartym dostępie
ostateczna wersja opublikowana
Data udostępnienia
01.2020
Czas udostępnienia publikacji w sposób otwarty
12 miesięcy po opublikowaniu
Punktacja Ministerstwa / czasopismo
35
Punktacja Ministerstwa / czasopismo w ewaluacji 2017-2021
35
Ten serwis działa dzięki oprogramowaniu SINUS
opracowanemu przez Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe
Zaloguj się, aby dodać do SIN: