Tytuł
Identification of Structural Variants in Two Novel Genomes of Maize Inbred Lines Possibly Related to Glyphosate Tolerance
Autorzy
[ 1 ] Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, Polska Akademia Nauk | [ P ] pracownik
Dyscyplina naukowa (Ustawa 2.0)
Rok publikacji
2020
Opublikowano w
Typ artykułu
artykuł naukowy
Język publikacji
angielski
Słowa kluczowe
Streszczenie
EN To study genetic variations between genomes of plants that are naturally tolerant and sensitive to glyphosate, we used two Zea mays L. lines traditionally bred in Poland. To overcome the complexity of the maize genome, two sequencing technologies were employed: Illumina and Single Molecule Real-Time (SMRT) PacBio. Eleven thousand structural variants, 4 million SNPs and approximately 800 thousand indels differentiating the two genomes were identified. Detailed analyses allowed to identify 20 variations within the EPSPS gene, but all of them were predicted to have moderate or unknown effects on gene expression. Other genes of the shikimate pathway encoding bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase and chorismate synthase were altered by variants predicted to have a high impact on gene expression. Additionally, high-impact variants located within the genes involved in the active transport of glyphosate through the cell membrane encoding phosphate transporters as well as multidrug and toxic compound extrusion have been identified.
Strony (od-do)
523
Typ licencji
CC BY-ND (uznanie autorstwa - bez utworów zależnych)
Wersja tekstu w otwartym dostępie
ostateczna wersja opublikowana
Data udostępnienia
03.2020
Czas udostępnienia publikacji w sposób otwarty
w momencie opublikowania
Punktacja Ministerstwa / czasopismo
70
Punktacja Ministerstwa / czasopismo w ewaluacji 2017-2021
70
Ten serwis działa dzięki oprogramowaniu SINUS
opracowanemu przez Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe
Zaloguj się, aby dodać do SIN: