1.

A computationally designed β-amino acid-containing miniprotein / Magda Drewniak-Świtalska, Łukasz Berlicki, Wojciech Rypniewski (IChB), Paulina Fortuna, Magdalena Bejger (IChB), Jacek Plewka // Chemical Communications - 2021, 57, nr 49, s. 6015-6018

Artykuł naukowy 200

2.

A pan-cancer atlas of somatic mutations in miRNA biogenesis genes / Piotr Kozłowski (IChB), Paulina Gałka-Marciniak (IChB), Martyna Urbanek-Trzeciak (IChB), Paulina maria Nawrocka // Nucleic Acids Research - 2021, 49, 2, s. 601-620

Artykuł naukowy 200

3.

Applying a Quantum Annealing Based Restricted Boltzmann Machine for MNIST Handwritten Digit Classification / Marek Subocz, Mateusz Słysz, Rafał Różycki, Krzysztof Kurowski (PCSS) // Computational Methods in Science and Technology - 2021, 27, 3, s. 99 - 107

Artykuł naukowy 5

4.

Automatic Speech Recognition and its Application to Media Monitoring / Waldemar Jęśko, Mariusz Owsianny (PCSS), Jerzy Jamroży (PCSS), Robert Cecko (PCSS), Marek Lange, Ewa Kuśmierek (PCSS) // Computational Methods in Science and Technology - 2021, 27, 2, s. 41-55

Artykuł naukowy 5

5.

Bacterial Chaperone Protein Hfq Facilitates the Annealing of Sponge RNAs to Small Regulatory RNAs / Daria Sobańska (IChB), Ewelina M. Małecka, Mikołaj Olejniczak // Journal of Molecular Biology - 2021, 433, 23, s. 167291

Artykuł naukowy 140

6.

Computational Science – ICCS 2021 : 21st International Conference, Krakow, Poland, June 16–18, 2021, Proceedings / 2021

Monografia naukowa / materiały konferencyjne

7.

Context Matters: NOTCH Signatures and Pathway in Cancer Progression and Metastasis / Matthias Nees, Joanna Kałafut, Julia Misiorek (IChB), Alicja Przybyszewska-Podstawka, Beata Paziewska, Adolfo Rivero-Müller, Katarzyna Rolle (IChB) // Cells - 2021, 10, 1, s. 94

Artykuł naukowy 140

8.

Do BARD1 Mutations Confer an Elevated Risk of Prostate Cancer? / Emilia Rogoża-Janiszewska, Klaudia Stempa, Cezary Cybulski, Mohammad R. Akbari, Joanna Tomiczek-Szwiec, Malwina Suszyńska (IChB), Wojciech Kluźniak, Tadeusz Dębniak, Tomasz Kluz, Karolina Malińska, Dominika Wokołorczyk, Piotr Kozłowski (IChB), Mariusz Naczk, Anna Jakubowska, Helena Rudnicka, Marcin Lener, Paweł Domagała, Jan Lubiński, Jacek Gronwald, Steven A. Narod, Tomasz Huzarski, Katarzyna Gliniewicz // Cancers - 2021, 13, 21, s. 5464

Artykuł naukowy 140

9.

Energy and performance improvements in stencil computations on multi-node HPC systems with different network and communication topologies / Jan Wȩglarz, Krzysztof Kurowski (PCSS), Miłosz Ciżnicki (PCSS) // Future Generation Computer Systems-The International Journal of eScience - 2021, 115, s. 45 - 58

Artykuł naukowy 140

10.

Enhanced Properties of a Benzimidazole Benzylpyrazole Lysine Demethylase Inhibitor: Mechanism-of-Action, Binding Site Analysis, and Activity in Cellular Models of Prostate Cancer / Krystyna Dudaniec, Edgar Specker, Piotr Małecki (IChB), David M. Carter, Manfred S. Weiss, Udo Heinemann, Jessica Przygodda, Ulrich Gohlke, Marc Nazaré // Journal of Medicinal Chemistry - 2021, 64, 19, s. 14266-14282

Artykuł naukowy 200

11.

Herbicide stress-induced DNA methylation changes in two Zea mays inbred lines differing in Roundup® resistance / Joanna Gracz-Bernaciak (IChB), Tomasz Twardowski (IChB), Agata Tyczewska (IChB), Jakub Szymkowiak // Journal of Applied Genetics - 2021, 62, 2, s. 235-248

Artykuł naukowy 140

12.

Ipertrofan Revisited—The Proposal of the Complete Stereochemistry of Mepartricin A and B / Tomasz Laskowski, Witold Andrałojć (IChB), Paweł Szczeblewski, Aneta Żabka, Justyna Polit, Konrad Winnicki // Molecules - 2021, 26, 18, s. 5533

Artykuł naukowy 140

13.

Peculiar substrate specificity of δ1-pyrroline-5-carboxylate reductase in the obligately fermentative bacterium Zymomonas mobilis / Giuseppe Forlani, Miłosz Ruszkowski (IChB), Boguslaw Nocek // Molecular Biology Reports - 2021, 48, 8, s. 6205-6211

Artykuł naukowy 70

14.

Phloroglucinol Strengthens the Antioxidant Barrier and Reduces Oxidative/Nitrosative Stress in Nonalcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD) / Adam Krętowski, Mateusz Maciejczyk, Cezary Odrzygóźdź (IChB), Anna Zalewska, Andrzej Chomentowski, Krzysztof Drygalski, Katarzyna Siewko // Oxidative Medicine and Cellular Longevity - 2021, 2021, s. 8872702

Artykuł naukowy 100

15.

Profile of Basal Cell Carcinoma Mutations and Copy Number Alterations - Focus on Gene-Associated Noncoding Variants / Laura Susok, Piotr Kozłowski (IChB), Ilamathi Thirusenthilarasan (IChB), Michael Sand, Paulina Gałka-Marciniak (IChB), Martyna Urbanek-Trzeciak (IChB), Anna Philips (IChB), Natalia Szóstak (IChB), Paulina Maria Nawrocka // Frontiers in Oncology - 2021, 11, s. 752579

Artykuł naukowy 100

16.

Proteomic and Structural Manifestations of Cardiomyopathy in Rat Models of Obesity and Weight Loss / Katarzyna Bogus, Łukasz Marczak (IChB), Arkadiusz Liśkiewicz, Daniela Liśkiewicz, Joanna Lewin-Kowalik, Marta Przybyła // Frontiers in Endocrinology - 2021, 12, s. 1-17

Artykuł naukowy 100

17.

Retrograde sulfur flow from glucosinolates to cysteine in Arabidopsis thaliana / Kazuki Saito, Rui Li, Ryosuke Sugiyama, Takehiro Ito, Naoyuki Sotta, Ayuko Kuwahara, Ryo Nakabayashi, Naoko Ohkama-Ohtsu, Tetsuya Mori, Toru Fujiwara, Ryohei Thomas Nakano, Masami Yokota Hirai, Paweł Bednarek (IChB) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2021, 118, 22, s. e2017890118

Artykuł naukowy 200

18.

Separation of Chromatographic Co-Eluted Compounds by Clustering and by Functional Data Analysis / Anna Piasecka (IChB), Aneta Sawikowska (IChB), Paweł Krajewski, Piotr Kachlicki // Metabolites - 2021, 11, 4, s. 214

Artykuł naukowy 100

19.

Similar Outcomes and Satisfaction of the Proprioceptive versus Standard Training on the Knee Function and Proprioception, Following the Anterior Cruciate Ligament Reconstruction / Paweł Bąkowski, Kamilla Bąkowska-Żywicka (IChB), Tomasz Piontek, Kinga Ciemniewska-Gorzela, Łukasz Stołowski // Applied Sciences-Basel - 2021, 11, 8, s. 3494

Artykuł naukowy 100

20.

Small Extracellular Vesicles in Transplant Rejection / Anna Wojakowska (IChB), Monika Pietrowska, Justyna E. Gołębiewska, Alicja Dębska-Ślizień, Anna Wardowska // Cells - 2021, 10, 11, s. 2989

Artykuł naukowy 140

21.

Structural studies of human muscle FBPase: Human muscle FBPase / Janusz Wisniewski, Dariusz Rakus, Kamil Szpotkowski (IChB), Mariusz Jaskólski (IChB), Andrzej Dżugaj, Jakub Barciszewski (IChB), Robert Kolodziejczyk // Acta Biochimica Polonica - 2021, 68, 1, s. 5-14

Artykuł naukowy 70

22.

The impact of uncertainty on predictions of the CovidSim epidemiological code / Wouter Edeling, Peter V. Coveney, Bartosz Bosak (PCSS), Robbie Sinclair, Diana Suleimenova, Hamid Arabnejad, Imran Mahmood, Krishnakumar Gopalakrishnan, Derek Groen, Daan Crommelin // Nature Computational Science - 2021, 1, 2, s. 128-135

Artykuł naukowy 5

23.

Transcript-Level Dysregulation of BCL2 Family Genes in Acute Myeloblastic Leukemia / Krzysztof Lewandowski, Luiza Handschuh (IChB), Maciej Kazmierczak, Paweł Wojciechowski (IChB) // Cancers - 2021, 13, 13, s. 3175-1 - 3175-23

Artykuł naukowy 140

24.

Tryptophan metabolism and bacterial commensals prevent fungal dysbiosis in Arabidopsis roots / Youssef Belkhadir, Katarzyna W. Wolinska, Ryohei Thomas Nakano, Thorsten Thiergart, Sjoerd Gremmen, Anna Piasecka (IChB), Mariola Piślewska-Bednarek (IChB), Brigitte Pickel, Stéphane Hacquard, Nathan Vannier, Paweł Bednarek (IChB) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2021, 118, 49, s. e2111521118

Artykuł naukowy 200

25.

Tutorial applications for Verification, Validation and Uncertainty Quantification using VECMA toolkit / Dongwei Ye, Daan Crommelin, Pavel Zun, Jalal Lakhlili, Lourens Veen, Hamid Arabnejad, Peter V. Coveney, Diana Suleimenova, Onnie O. Luk, Wouter N. Edeling, Derek Groen, Alfons Hoekstra, Vytautas Jancauskas, David Coster, Valeria Krzhizhanovskaya, Michał Kulczewski (PCSS) // Journal of Computational Science - 2021, 53, s. numer artykułu: 101402

Artykuł naukowy 100

26.

Verification, Validation and Uncertainty Quantification of Large-Scale Applications with QCG-PilotJob / Bartosz Bosak (PCSS), Erwan Raffin, Jalal Lakhlili, Tomasz Piontek (PCSS), Paul Karlshoefer, Piotr Kopta (PCSS) // W: Computational Science – ICCS 2021 : 21st International Conference, Krakow, Poland, June 16–18, 2021, Proceedings, 2021 - s. 495 - 501

Rozdział w monografii naukowej / referat 140

27.

ACE2 and TMPRSS2 variation in savanna monkeys (Chlorocebus spp.): Potential risk for zoonotic/anthroponotic transmission of SARS-CoV-2 and a potential model for functional studies / Matthew J. Jorgensen, Anna Jasińska (IChB), Vasily Ramensky, Felicity Burt, Trudy R. Turner, Christopher A. Schmitt, Nelson B. Freimer, Hannes Svardal, J. Paul Grobler, Christina M. Bergey // PLoS ONE - 2020, 15, 6, s. e0235106

Artykuł naukowy 100

28.

BRIP1, RAD51C, and RAD51D mutations are associated with high susceptibility to ovarian cancer: mutation prevalence and precise risk estimates based on a pooled analysis of ~30,000 cases / Piotr Kozłowski (IChB), Malwina Suszyńska (IChB), Magdalena Ratajska // Journal of Ovarian Research - 2020, 13, 1, s. 50

Artykuł naukowy 70

29.

Clinical practice and postoperative rehabilitation after knee arthroscopy vary according to surgeons’ expertise: a survey among polish arthroscopy society members / Paweł Bąkowski, Tomasz Piontek, Kamilla Bąkowska-Żywicka (IChB) // BMC Musculoskeletal Disorders - 2020, 21, 1, s. 626

Artykuł naukowy 100

30.

Computational Science – ICCS 2020: 20th International Conference, Amsterdam, The Netherlands, June 3–5, 2020, Proceedings, Part VI / 2020

Monografia naukowa / materiały konferencyjne

31.

Computational Tools and Resources Supporting CRISPR-Cas Experiments / Mateusz Nowaczyk, Paweł Śledziński (IChB), Marta Olejniczak (IChB) // Cells - 2020, 9, 5, s. 1288

Artykuł naukowy 140

32.

Cystathionine β-synthase deficiency: different changes in proteomes of thrombosis-resistant Cbs−/− mice and thrombosis-prone CBS−/− humans / Izabela Lewandowska, Łukasz Marczak (IChB), Marta Sikora (IChB), Hieronim Jakubowski, Ewa Bretes // Scientific Reports - 2020, 10, 1, s. 10726

Artykuł naukowy 140

33.

Digital Library Adaptation for Traditional Music and Content-Based Research: Polish Sound Archives and dLibra / Jacek Jackowski, Tomasz Parkoła (PCSS), Ewa Dahlig-Turek, Ewa Kuśmierek (PCSS), Ewa Łukasik, Magdalena Chudy // W: JCDL '20: Proceedings of the ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries in 2020: Association for Computing Machinery (ACM), 2020 - s. 289–298

Rozdział w monografii naukowej / referat 20 200

34.

Disulfide bridge as a linker in nucleic acids’ bioconjugation. Part II: A summary of practical applications / Marcin Chmielewski (IChB), Anna R. Stasińska, Piotr Putaj // Bioorganic Chemistry - 2020, 95, s. 103518

Artykuł naukowy 100

35.

ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes / Mariusz Popenda (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Zok // BMC Bioinformatics - 2020, 21, s. 40

Artykuł naukowy 100

36.

Energy efficiency and performance modeling of stencil applications on manycore and GPU computing resources / Jan Węglarz (PCSS), Krzysztof Kurowski (PCSS), Miłosz Ciżnicki (PCSS) // W: 2020 20th IEEE/ACM International Symposium on Cluster, Cloud and Internet Computing (CCGRID), 2020 - s. 232-241

Rozdział w monografii naukowej / referat 140

37.

Human NANOS1 Represses Apoptosis by Downregulating Pro-Apoptotic Genes in the Male Germ Cell Line / Maciej Kotecki, Kamila Kusz-Zamelczyk, Maciej Śmiałek, Damian Janecki (IChB), Erkut Ilaslan, Barbara Ginter-Matuszewska, Patryk Krainski, Marcin Sajek, Jadwiga Jaruzelska // International Journal of Molecular Sciences - 2020, 21, 8, s. 3009

Artykuł naukowy 140

38.

Hybrid Quantum Annealing Heuristic Method for Solving Job Shop Scheduling Problem / Grzegorz Waligóra, Jan Węglarz (PCSS), Marek Subocz, Rafał Różycki, Krzysztof Kurowski (PCSS) // W: Computational Science – ICCS 2020: 20th International Conference, Amsterdam, The Netherlands, June 3–5, 2020, Proceedings, Part VI, 2020 - s. 502-515

Rozdział w monografii naukowej / referat 140

39.

Moonlighting Function of Phytochelatin Synthase1 in Extracellular Defense against Fungal Pathogens / Christine Klapprodt, Erwin Grill, Monica Stein, Candice Cherk, Antonio Molina, Paul Schulze-Lefert, Rene Fuchs, Mariola Piślewska-Bednarek (IChB), Volker Lipka, Clara Sanchez-Rodriguez, Shauna Somerville, Kian Hématy, Melisa Lim, Paweł Bednarek (IChB) // Plant Physiology - 2020, 182, 4, s. 1920-1932

Artykuł naukowy 140

40.

Pan-cancer analysis of somatic mutations in miRNA genes / Ewelina Kowal-Wiśniewska, Piotr Kozłowski (IChB), Maciej Giefing, Paulina M Nawrocka, Paulina Gałka-Marciniak (IChB), Sylwia Szwec, Martyna Urbanek-Trzeciak (IChB) // EBioMedicine - 2020, 61, s. 103051

Artykuł naukowy 140

41.

Predictive Reliability and Fault Management in Exascale Systems: State of the Art and Perspectives / Rafa Tornero, William Fornaciari, Marina Zapater, Giuseppe Massari, Alessandro Cilardo, Carles Hernandez, Jaume Abella, David Atienza, Ariel Oleksiak (PCSS), Ramon Canal, Wojciech Piątek (PCSS), Federico Reghenzani // ACM Computing Surveys - 2020, 53, 5, s. 1-32

Artykuł naukowy 200

42.

RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools / Marcin Magnus, Eric Westhof, Maciej Antczak (IChB), Janusz Bujnicki, Yang Cao, Piotr Łukasiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Zhichao Miao, Tomasz Zok, Jakub Wiedemann // Nucleic Acids Research - 2020, 48, 2, s. 576 - 588

Artykuł naukowy 200

43.

RNAthor – fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis / Katarzyna Pachulska-Wieczorek (IChB), Kacper Figurski, Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok, Julita Gumna (IChB) // PLoS ONE - 2020, 15, 10, s. e0239287

Artykuł naukowy 100

44.

Selected arylsulphonyl pyrazole derivatives as potential Chk1 kinase ligands—computational investigations / Karol Kamel (IChB), Kornelia Czaja, Jacek Kujawski, Marek K. Bernard // Journal of Molecular Modeling - 2020, 26, 6, s. 144

Artykuł naukowy 40

45.

Stability Limitations of Optical Frequency Transfer in Telecommunication DWDM Networks / Krzysztof Turza (PCSS), Przemyslaw Krehlik, Lukasz Sliwczynski // IEEE TRANSACTIONS ON ULTRASONICS FERROELECTRICS AND FREQUENCY CONTROL - 2020, 67, 5, s. 1066-1073

Artykuł naukowy 100

46.

Summary of BARD1 Mutations and Precise Estimation of Breast and Ovarian Cancer Risks Associated with the Mutations / Piotr Kozłowski (IChB), Malwina Suszyńska (IChB) // Genes - 2020, 11, 7, s. 798

Artykuł naukowy 100

47.

The phenotype‐driven computational analysis yields clinical diagnosis for patients with atypical manifestations of known intellectual disability syndromes / Tomasz Żemojtel, Małgorzata Krajewska-Walasek, Krystyna Chrzanowska, Dorota Jurkiewicz, Aleksandra Jezela-Stanek, Maria Jędrzejowska, Marzena Kucharczyk, Elżbieta Ciara // Molecular genetics & genomic medicine - 2020, 8, 9, s. e1263

Artykuł naukowy 70

48.

TSC2 pathogenic variants are predictive of severe clinical manifestations in TSC infants: results of the EPISTOP study / Barbara Ogórek, Kate Riney, Christoph Hertzberg, Jacek Jaworski, Anna C. Jansen, Bernhard Weschke, Stef Janson, Julita Borkowska, Krzysztof Sadowski, Małgorzata Urbańska, Paolo Curatolo, Martha Feucht, Sergiusz Jozwiak, Katarzyna Klonowska, Romina Moavero, David J. Kwiatkowski, Kathryn Lasseter, Eleonora Aronica, Hanna M. Hulshof, Hugo Kuijf, Floor E. Jansen, Rima Nabbout, Piotr Kozłowski (IChB), Lana Hamieh, Theresa Scholl, Lieven Lagae, Katarzyna Kotulska-Jóźwiak, Pavel Krsek, Barbora Benova, Dorota Domańska-Pakieła // Genetics in Medicine - 2020, 22, 9, s. 1489-1497

Artykuł naukowy 200

49.

Unknown Areas of Activity of Human Ribonuclease Dicer: A Putative Deoxyribonuclease Activity / Agnieszka Szczepanska, Marta Wojnicka, Anna Kurzyńska-Kokorniak (IChB) // Molecules - 2020, 25, 6, s. 1414

Artykuł naukowy 100

50.

A Disease-Causing Intronic Point Mutation C19G Alters Tau Exon 10 Splicing via RNA Secondary Structure Rearrangement / Jolanta Lisowiec-Wąchnicka (IChB), Jiahao Shi, Alan Ann Lerk Ong, Mun Leng Lye, Jiazi Tan, Lixia Yang, Gang Chen, Zhensheng Zhong, Xavier Roca, Shiyi Liu, Ryszard Kierzek (IChB) // Biochemistry - 2019, 58, 12, s. 1565-1578

Artykuł naukowy 100

51.

BARD1 is a low/moderate breast cancer risk gene: evidence based on an association study of the Central European p.Q564X recurrent mutation. / Jacek Gronwald, Malwina Suszyńska (IChB), Steven A. Narod, Natalia Bogdanova, Dominika Wokołorczyk, Anna Jakubowska, Katarzyna Klonowska, Cezary Cybulski, Tadeusz Dębniak, Marek Szwiec, Wojciech Kluźniak, Magdalena Ratajska, Piotr Kozłowski (IChB), Jan Lubiński, Tomasz Huzarski, Thilo Dork // Cancers - 2019, 11, 6, s. 740

Artykuł naukowy 140

52.

Computational and NMR studies of RNA duplexes with an internal pseudouridine-adenosine base pair / Magdalena Małgowska, Ansuman Lahiri, Indrajit Deb, Łukasz Popenda, Joanna Sarzyńska (IChB), Zofia Gdaniec (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Scientific Reports - 2019, 9, 1

Artykuł naukowy 140

53.

Computational Science – ICCS 2019: 19th International Conference, Faro, Portugal, June 12–14, 2019, Proceedings, Part IV / 2019

Monografia naukowa / materiały konferencyjne

54.

Current state and prospects of biotechnology in Central and Eastern European countries. Part I: Visegrad countries (CZ, H, PL, SK) / Munis Dundar, Jan Turna, Stanislav Stuchlik, Tomasz Twardowski (IChB), Paweł Kaszycki, Stanislav Miertus, Viktoria Vasary, Kevan M. A. Gartland, Markus Dettenhofer, Miroslav Ondrejovič // Critical Reviews in Biotechnology - 2019, 39, 1, s. 114-136

Artykuł naukowy 140

55.

EU-OPENSCREEN: A Novel Collaborative Approach to Facilitate Chemical Biology. / Petr Bartunek, Zbigniew Leśnikowski, Kamil Paruch, Ursula Bilitewski, Jordi Mestres, Antonio Pineda-Lucena, Piotr Zielenkiewicz, Aiprs Jirgensons, Wolfgang Fecke, Olga Genilloud, Edga Specker, Jacek Kolanowski (IChB), Kjetil Tasken, Jordi Quintana, Bahne Stechmann, En Hansen, Sarka Simova, Radosław Pilarski (IChB), Mark Broenstrup, Aurora Martinez, Mads H. Clausen, Heiko Lickert, Maria J. Vicent, Lari Lehtio, Mar Orzaez, Bastien Cautain, Jens P. Von Kries, Stefan Krauss, Luca Laraia, Faranak Nami, Philip Gribbon, Bernhard Ellinger, Philip Brennecke, Jeanette H. Andersen, Katja Herzog, Jose Brea, Martin Neuenschwander, Francisca Vicente, Marc Nazare, Johannes Landskron, Oscar Aubi, Dace Rasina // SLAS Discovery - 2019, 24, 3, s. 398-413

Artykuł naukowy 40

56.

Evidence for Reagent-Induced Spin-State Switching in Tripodal Fe(II) Iminopyridine Complexes / Tarik J. Ozumerzifon, Anthony K. Rappé, Matthew P. Shores, Justin P. Joyce, Jacek Kolanowski (IChB), Robert F. Higgins // Inorganic Chemistry - 2019, 58, s. 7785-7793

Artykuł naukowy 140

57.

Generation of human iPS cell line IBCHi001-A from dentatorubral–pallidoluysian atrophy patient's fibroblasts / Agata Ciołak, Emilia Kozłowska (IChB), Marta Olejniczak (IChB), Agnieszka Fiszer (IChB) // Stem Cell Research - 2019, 39, s. 1-5

Artykuł naukowy 70

58.

Identification of drought responsive proteins and related proteomic QTLs in barley / Paweł Rodziewicz, Krzysztof Mikołajczak, Maciej Stobiecki (IChB), Paweł Krajewski, Łukasz Marczak (IChB), Magdalena Łuczak (IChB), Anetta Kuczyńska, Piotr Ogrodowicz, Aneta Sawikowska (IChB), Klaudia Chmielewska, Paweł Bednarek (IChB) // Journal of Experimental Botany - 2019, 70, 10, s. 2823-2837

Artykuł naukowy 140

59.

Introducing VECMAtk - Verification, Validation and Uncertainty Quantification for Multiscale and HPC Simulations / Bartosz Bosak (PCSS), Peter V. Coveney, Paul Karlshoefer, Olivier Hoenen, Maxime Vassaux, Daan Crommelin, Tomasz Piontek (PCSS), Robert Sinclair, Derek Groen, Anna Nikishova, Vytautas Jancauskas, Diana Suleimenova, Robin A. Richardson, Wouter Edeling, Jalal Lakhlili, David W. Wright, Hamid Arabnejad, Piotr Kopta (PCSS) // W: Computational Science – ICCS 2019: 19th International Conference, Faro, Portugal, June 12–14, 2019, Proceedings, Part IV, 2019 - s. 479-492

Rozdział w monografii naukowej / referat 140

60.

Large-scale meta-analysis of mutations identified in panels of breast/ovarian cancer-related genes — Providing evidence of cancer predisposition genes / Piotr Kozłowski (IChB), Malwina Suszyńska (IChB), Anna Jasińska (IChB), Katarzyna Klonowska // Gynecologic Oncology - 2019, 153, 2, s. 452-462

Artykuł naukowy 140

61.

Let food be your medicine: Nutraceutical properties of lycopene / Dariusz Wawrzyniak (IChB), Małgorzata Grabowska, Stefan Jurga, Katarzyna Rolle (IChB), Jan Barciszewski (IChB), Piotr Chomczyński, Stefan Oziewicz // Food & Function - 2019, 10, s. 3090-3102

Artykuł naukowy 100

62.

Multiscale modeling of influenza A virus replication in cell cultures predicts infection dynamics for highly different infection conditions / Sascha Young Kupke, Udo Reichl, Daniel Rüdiger, Paweł Zmora (IChB), Tanja Laske // PLoS Computational Biology - 2019, 15, 2, s. e1006819

Artykuł naukowy 140

63.

Not Only Mutations Matter: Molecular Picture of Acute Myeloid Leukemia Emerging from Transcriptome Studies / Luiza Handschuh (IChB) // Journal of Oncology - 2019, 2019, s. 7239206

Artykuł naukowy 100

64.

RNApolis: computational platform for RNA structure analysis / Marta Szachniuk (IChB) // Foundations of Computing and Decision Sciences - 2019, vol. 44, no. 2, s. 241-257

Artykuł naukowy 20

65.

Serum Proteome Alterations in Human Cystathionine beta-Synthase Deficiency and Ischemic Stroke Subtypes / Jolanta Kubalska, Radosław Kaźmierski, Łukasz Marczak (IChB), Marta Sikora (IChB), Ałła Graban, Izabela Lewandowska, Hieronim Jakubowski // International Journal of Molecular Sciences - 2019, 20, 12, s. e3096

Artykuł naukowy 140

66.

Sex affects N-homocysteinylation at lysine residue 212 of albumin in mice / Marta Sikora (IChB), Łukasz Marczak (IChB), Hieronim Jakubowski, Joanna Perła-Kajan // Scientific Reports - 2019, 9, s. 2669

Artykuł naukowy 140

67.

Somatic mutations in miRNA genes in lung cancer : potential functional consequences of non-coding sequence variants. / Piotr Kozłowski (IChB), Maciej Giefing, Agata Dutkiewicz, Paulina Gałka-Marciniak (IChB), Martyna Urbanek-Trzeciak (IChB), Paulina Maria Nawrocka, Marzena Lewandowska // Cancers - 2019, 11, 6, s. 793

Artykuł naukowy 140

68.

Specific interaction of zinc finger protein Com with RNA and the crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com / Grzegorz Lach, Janusz Bujnicki, Martyna Nowacka, Humberto Fernandes, Agnieszka Kiliszek (IChB), Agata Bernat // PLoS ONE - 2019, 14, 4, s. e0214481

Artykuł naukowy 100

69.

Studies on structure of kinetin riboside and its analogues by variable-temperature NMR / Tomasz Ostrowski (IChB), Daniel Baranowski (IChB), Grzegorz Framski (IChB), Eliza Wyszko (IChB) // Journal of Molecular Structure - 2019, 1195, s. 110-118

Artykuł naukowy 70

70.

Automatic mapping of gaze position coordinates of eye-tracking glasses video on a common static reference image / Adam Bykowski, Szymon Kupiński (PCSS) // W: ETRA '18: Proceedings of the 2018 ACM Symposium on Eye Tracking Research & Applications, 2018

Rozdział w monografii naukowej / referat

71.

CALCIUM-SENSING RECEPTOR GENE (CASR) SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNPS) AND CASR TRANSCRIPT LEVEL CONCERNING DYSLIPIDEMIA IN HEMODIALYSIS (HD) PATIENTS: A CROSS-SECTIONAL STUDY / Marek Figlerowicz (IChB), Bartosz Frycz, Alicja Grzegorzewska, Paweł Jagodziński, Monika Joanna Świderska, Ireneusz Stolarek (IChB), Leszek Niepolski, Adrianna Mostowska // Nephrology Dialysis Transplantation - 2018, 33, 1, s. SP017

Artykuł naukowy 40

72.

Design, synthesis, and biological evaluation of novel combretastatin A-4 thio derivatives as microtubule targeting agents. / Rafał Kurczab, Anna Teubert (IChB), Mariusz Kaczmarek, Tomasz Stefański, Adam Hogendorf, Stanisław Sobiak, Małgorzata Zielińska-Przyjemska, Michał Cichocki, Renata Mikstacka, Zbigniew Dutkiewicz, Marek Murias, Małgorzata Kucińska // European Journal of Medicinal Chemistry - 2018, 144, s. 797-816

Artykuł naukowy 40

73.

Digital Humanities – Challenges for Humanities in the Digital Society Era – Foreword / Cezary Mazurek (PCSS) // Computational Methods in Science and Technology - 2018, 24, 1, s. 5-6

Artykuł naukowy 11

74.

Experimental and computational studies on a protonated 2-pyridinyl moiety and its switchable effect for the design of thermolytic devices. / Jacek Kujawski, Marek Bernard, Marcin Chmielewski (IChB), Jolanta Brzezińska (IChB), Kornelia Czaja, Agnieszka Witkowska // PLoS ONE - 2018, 13, 9, s. e0203604

Artykuł naukowy 40

75.

Glutathione S-Transferases in the Biosynthesis of Sulfur-Containing Secondary Metabolites in Brassicaceae Plants / Paweł Czerniawski, Paweł Bednarek (IChB) // Frontiers in Plant Science - 2018, 9, s. 1639

Artykuł naukowy 40

76.

Glutathione Transferase U13 Functions in Pathogen-Triggered Glucosinolate Metabolism / Ryohei Thomas Nakano, Kei Hiruma, Antonio Molina Fernandez, Suthitar Singkaravanit-Ogawa, Yoshitaka Takano, Danuta Ciesiołka, Paul Schulze-Lefert, Marta Pastorczyk-Szlenkier (IChB), Mariola Piślewska-Bednarek (IChB), Andrea Sanchez Vallet, Paweł Bednarek (IChB) // Plant Physiology - 2018, 176, 1, s. 538-551

Artykuł naukowy 45

77.

I03 MUTANT HTT MRNA AS THERAPEUTIC TARGET IN ALLELE-SELECTIVE CAG REPEAT-DIRECTED RNAI APPROACH AND PUTATIVE PATHOGENIC AGENT IN HD / Łukasz Przybył (IChB), Adam Ciesiołka (IChB), Emilia Kozłowska (IChB), Włodzimierz Krzyżosiak, Magdalena Jazurek-Ciesiołka (IChB), Paweł Adam Joachimiak, Magdalena Woźna-Wysocka (IChB), Michał Michalak, Agnieszka Fiszer (IChB), Agata Jolanta Łużna, Paweł Świtoński (IChB) // JOURNAL OF NEUROLOGY NEUROSURGERY AND PSYCHIATRY - 2018, 89, 1(I03), s. A89

Artykuł naukowy 45

78.

INDIGO-DataCloud: a Platform to Facilitate Seamless Access to E-Infrastructures / C. Duma, R. Bruno, G. Moltó, S. Vallero, M. Hardt, D. Salomoni, L. Lloret, D. Davidovic, Z. Kurkcuoglu, A. Ceccanti, M. Tangaro, M. Antonacci, S. Bagnasco, Michał Urbaniak, B. Ertl, J. Martins, Marcin Płóciennik (PCSS), F. Zambelli, P. Orviz, Z. Sustr, V. Zaccolo, S. Fiore, A. López-García, J. Marco De Lucas, Tomasz Żok, I. Campos, M. David, L. Matyska, A. Nuzzo, F. Aguilar, P. Nassisi, J. Gomes, L. Alves, R. Barbera, M. Fargetta, B. Wegh, E. Cetinic, A. M. J. J. Bonvin, L. A. Antonelli, S. Gallozzi, A. Costa, M. Viljoen, L. Gaido, E. Sciacca, P. Fuhrman, J. Pina, P. Solagna, I. Blanquer, L. Dutka, D. Spiga, C. Palazzo, G. Donvito, Y. Chen // Journal of Grid Computing - 2018, 16, 3, s. 381-408

Artykuł naukowy 35

79.

Manuscripts and old prints of the Karaim Digital Archive – from Ms Word files to TEI P5 / Tomasz Hoffmann, Michał Kozak (PCSS), Mariola Abkowicz // Computational Methods in Science and Technology - 2018, 24, 1, s. 59-69

Artykuł naukowy 11

80.

New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures in dot-bracket notation / Maciej Antczak (IChB), Mariusz Popenda (IChB), Michał Żurkowski, Ryszard Adamiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok // Bioinformatics - 2018, 34, 8, s. 1304-1312

Artykuł naukowy 45

81.

NPM1 alternative transcripts are upregulated in acute myeloid and lymphoblastic leukemia and their expression level affects patient outcome / Jacek Błażewicz (IChB), Małgorzata Marcinkowska-Swojak (IChB), Piotr Kozłowski (IChB), Luiza Handschuh (IChB), Marek Figlerowicz (IChB), Mieczysław Komarnicki, Paweł Wojciechowski (IChB), Magdalena Łuczak (IChB), Krzysztof Lewandowski, Maciej Kaźmierczak // Journal of Translational Medicine - 2018, 16, s. 232

Artykuł naukowy 35

82.

QEva-CRISPR: A method for quantitative evaluation of CRISPR/Cas-mediated genome editing in target and off-target sites / Piotr Kozłowski (IChB), Wojciech Juzwa, Włodzimierz Krzyżosiak, Karol Czubak (IChB), Marta Olejniczak (IChB), Magdalena Dąbrowska // Nucleic Acids Research - 2018, 46, 17, s. e101

Artykuł naukowy 40

83.

Qualitative and quantitative analyses of bioactive compounds from ex vitro Chamaenerion angustifolium (L.) (Epilobium augustifolium) herb in different harvest times / Anna Piasecka (IChB), Marcin Ożarowski, Aneta Sawikowska (IChB), Przemysław Mikołajczak, Agnieszka Gryszczyńska, Mariola Dreger, Magdalena Miklaś, Aurelia Pietrowiak, Bogna Opala, Karolina Wielgus, Natalia Witaszak, Piotr Kachlicki, Zdzisław Łowicki // Industrial Crops and Products - 2018, 123, s. 208-220

Artykuł naukowy 40

84.

Quantitative Methods to Monitor RNA Biomarkers in Myotonic Dystrophy / Agnieszka Wojtkowiak-Szlachcic, Piotr Kozłowski (IChB), Robert Markus, Marzena Wojciechowska (IChB), David Brook, Saam Sedehizadeh, Karol Czubak (IChB), Anna Lusakowska, Krzysztof Sobczak, Anna Kaminska // Scientific Reports - 2018, 8, s. 5885

Artykuł naukowy 40

85.

Recent EUROfusion Achievements in Support of Computationally Demanding Multiscale Fusion Physics Simulations and Integrated Modeling / D. C. Mcdonald, F. Iannone, F. Imbeaux, S. Heuraux, D. Kaljun, Daniel Figat, T.-M. Tran, Bartosz Palak (PCSS), X. Sáez, F. Da Silva, K. S. Kang, T. Ribeiro, A. Gutierrez-Milla, R. Hatzky, D. Coster, T. B. Fehér, M. Martone, Marcin Płóciennik (PCSS), G. Bracco, L. Fleury, G. Manduchi, O. Hoenen, M. Hölzl, S. D. Pinches, J. David, C. Vouland, T. Aniel, H. Leggate, V. Pais, E. Rossi, F. Robin, D. Yadykin, Michał Owsiak (PCSS), R. Kamendje, J. Hollocombe, S. Mochalskyy, J. Signoret, A. Maslennikov, J. Noé, D. Tskhakaya, I. Voitsekhovitch // Fusion Science and Technology - 2018, 74, 3, s. 186-197

Artykuł naukowy 20

86.

RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation / Jacek Błażewicz (IChB), Michał Żurkowski, Maciej Antczak (IChB), Mariusz Popenda (IChB), Ryszard Adamiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok // Nucleic Acids Research - 2018, 46, s. W30-W35

Artykuł naukowy 40

87.

Submit a Topic Page to PLOS Computational Biology and Wikipedia / Daniel Mietchen, Szymon Wąsik, Natalia Szóstak (IChB), Christophe Dessimoz, Shoshana Wodak // PLoS Computational Biology - 2018, 14, 1, s. e1006137

Artykuł naukowy 45

88.

Towards Food Security: Current State and Future Prospects of Agrobiotechnology / Joanna Gracz-Bernaciak (IChB), Agata Tyczewska (IChB), Tomasz Twardowski (IChB), Jakub Kuczyński, Ewa Woźniak-Gientka (IChB) // Trends in Biotechnology - 2018, 36, 12, s. 1219-1229

Artykuł naukowy 45

89.

A Holistic Approach to Scientific Reasoning Based on Hybrid Knowledge Representations and Research Objects / Raul Palma (PCSS) // W: Proceedings of the Workshop on Machine Reading, co-located with The 9th International Conference on Knowledge Capture, 2017

Rozdział w monografii naukowej / referat

90.

A Functional Link Between Bir1 and the Saccharomyces cerevisiae Ctf19 Kinetochore Complex Revealed Through Quantitative Fitness Analysis / Conor Lawless, Josefin Fernius, Michael J., Vasso Makrantoni, David Lydall, Adam Ciesiołka (IChB), Adele Marston // G3-Genes Genomes Genetics - 2017, 7, 9, s. 3203-3215

Artykuł naukowy 30

91.

Ancient hybridization and strong adaptation to viruses across African vervet monkey populations / Christopher A. Schmitt, J. Paul Grobler, Cristian Apetrei, Michaela Mueller-Trutwin, Wesley C. Warren, Giovanni Coppola, Nelson B. Freimer, Magnus Nordborg, Anna Jasińska (IChB), Beatrice Jacquelin, Richard K. Wilson, Vasily Ramensky, Ken Dewar, George Weinstock, Hannes Svardal, Yu Huang, Trudy R. Turner, Martin Antonio // Nature Genetics - 2017, 49, 12, s. 1705+

Artykuł naukowy 50

92.

Discriminating RNA variants with single-molecule allele-specific FISH / Martyna Urbanek-Trzeciak (IChB), Włodzimierz Krzyżosiak // MUTATION RESEARCH-REVIEWS IN MUTATION RESEARCH - 2017, 773, s. 230-241

Artykuł naukowy 45

93.

Energy aware scheduling model and online heuristics for stencil codes on heterogeneous computing architectures / Jan Węglarz (PCSS), Krzysztof Kurowski, Miłosz Ciżnicki (PCSS) // Cluster Computing - 2017, vol. 20, iss. 3, s. 2535-2549

Artykuł naukowy 30

94.

Energy optimization methodology for e-infrastructure providers / Ariel Oleksiak (PCSS) // CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE - 2017, 10, 29

Artykuł naukowy 25

95.

Eukaryotic Ribosomal Expansion Segments as Antimicrobial Targets / Natalya N. Degtyareva, Dev P. Arya, Stefany Y. Holguin, Nicholas A. Kovacs, Lizzette M. Gomez Ramos, Michael Y. Hu, Loren Dean Williams, Marcin Biesiada, Anton S. Petrov, Liuwei Jiang, Katarzyna Purzycka (IChB) // Biochemistry - 2017, 56, 40, s. 5288-5299

Artykuł naukowy 25

96.

EvOligo: A Novel Software to Design and Group Libraries of Oligonucleotides Applicable for Nucleic Acid-Based Experiments / Marcin Chmielewski (IChB), Marek Figlerowicz (IChB), Karol Kamel (IChB), Anna Kurzyńska-Kokorniak (IChB), Marek Milewski // Journal of Computational Biology - 2017, 24, 10, s. 1014-1028

Artykuł naukowy 25

97.

Fibre-optic delivery of time and frequency to VLBI station / Krzysztof Turza (PCSS), Artur Binczewski (PCSS) // ASTRONOMY & ASTROPHYSICS - 2017, March 28, s. 1-8

Artykuł naukowy 35

98.

Filling the gaps: imputation of missing metrics' values in a software quality model / Szymon Kupiński (PCSS), Marcin Wolski (PCSS), Jakub Chojnacki // W: Proceedings of the 27th International Workshop on Software Measurement and 12th International Conference on Software Process and Product Measurement, 2017 - s. 82-87

Rozdział w monografii naukowej / referat

99.

Global methylation status of sperm DNA in carriers of chromosome structural aberrations. / Maciej Kurpisz, Vyacheslaw Chernykh, Danuta Zastavna, Nataliya Huleyuk, Jan Barciszewski (IChB), Marta Olszewska, Mirosława Naskręt-Barciszewska (IChB), Monika Frączek // Asian Journal of Andrology - 2017, 19, 1, s. 117-124

Artykuł naukowy 40

100.

L1Base 2: more retrotransposition-active LINE-1s, more mammalian genomes / Tobias Penzkofer, Tomasz Żemojtel, Peter N. Robinson, Marten Jaeger, Marek Figlerowicz (IChB), Richard Badge, Stefan Mundlos // Nucleic Acids Research - 2017, 45, D1, s. D68-D73

Artykuł naukowy 40