1.

3D Domain Swapping Dimerization of the Receiver Domain of Cytokinin Receptor CRE1 From Arabidopsis thaliana and Medicago truncatula / Mariusz Jaskólski (IChB), Anna Urbanowicz (IChB), Miłosz Ruszkowski (IChB), Linh H. Tran, Michał Jasiński (IChB) // Frontiers in Plant Science - 2021, 12, s. 756341

Artykuł naukowy 100

2.

A computationally designed β-amino acid-containing miniprotein / Magda Drewniak-Świtalska, Łukasz Berlicki, Wojciech Rypniewski (IChB), Paulina Fortuna, Magdalena Bejger (IChB), Jacek Plewka // Chemical Communications - 2021, 57, nr 49, s. 6015-6018

Artykuł naukowy 200

3.

Conserved Structural Motifs of Two Distant IAV Subtypes in Genomic Segment 5 RNA / Barbara Szutkowska (IChB), Ewa Biala, Paula Michalak, Julita Piasecka (IChB), Walter N. Moss, Elżbieta Kierzek (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Viruses - 2021, 13, 3, s. 525

Artykuł naukowy 100

4.

Covid-19.bioreproducibility.org: A web resource for SARS-CoV -2-related structural models / David R. Cooper, Marcin Cymborowski, Bernhard Rupp, Mariusz Jaskólski (IChB), Wladek Minor, Marcin Kowiel, Dariusz Brzeziński (IChB), Ivan G. Shabalin, Mirosław Gilski (IChB), Marek Grabowski, Zbigniew Dauter, Alexander Wlodawer // Protein Science - 2021, 30, 1

Artykuł naukowy 100

5.

Crystal structure of Z-DNA in complex with the polyamine putrescine and potassium cations at ultra-high resolution / Mariusz Jaskólski (IChB), Mirosław Gilski (IChB), Paweł Drożdżal (IChB) // Acta Crystallographica Section B-Structural Science Crystal Engineering and Materials - 2021, 77, 3, s. 331-338

Artykuł naukowy 140

6.

Crystal structures of the elusive Rhizobium etli l-asparaginase reveal a peculiar active site / Mariusz Jaskólski (IChB), Joanna I. Loch, Barbara Imiołczyk (IChB), Magdalena Bejger (IChB), Mirosław Gilski (IChB), Anna Wantuch, Joanna Śliwiak (IChB) // Nature Communications - 2021, 12, 1

Artykuł naukowy 200

7.

Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models / Maciej Antczak (IChB), Agnieszka Korpeta, Mariusz Popenda (IChB), Ryszard Adamiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok, Joanna Sarzyńska (IChB) // Nucleic Acids Research - 2021, 49, 17, s. 9625 - 9632

Artykuł naukowy 200

8.

Genetic Insight into the Domain Structure and Functions of Dicer-Type Ribonucleases / Anna Kurzyńska-Kokorniak (IChB), Maria Pokornowska, Kinga Ciechanowska (IChB) // International Journal of Molecular Sciences - 2021, 22, 2, s. 616

Artykuł naukowy 140

9.

How bioinformatics resources work with G4 RNAs / Marta Szachniuk (IChB), Joanna Miskiewicz, Joanna Sarzyńska (IChB) // Briefings in Bioinformatics - 2021, 22, 3, s. bbaa201-1 - bbaa201-14

Artykuł naukowy 140

10.

Impact of a Single Nucleotide Change or Non-Nucleoside Modifications in G-Rich Region on the Quadruplex–Duplex Hybrid Formation / Piotr Kozłowski (IChB), Daniel Baranowski (IChB), Zofia Gdaniec (IChB), Dorota Gudanis (IChB), Ryszard Kierzek (IChB), Karolina Zielińska (IChB) // Biomolecules - 2021, 11, 8, s. 1236

Artykuł naukowy 100

11.

In vivo structure of the Ty1 retrotransposon RNA genome / Angelika Andrzejewska, Katarzyna Pachulska-Wieczorek (IChB), David J Garfinkel, Małgorzata Zawadzka, Julita Gumna (IChB) // Nucleic Acids Research - 2021, 49, 5, s. 2878–2893

Artykuł naukowy 200

12.

METTL16, Methyltransferase-Like Protein 16: Current Insights into Structure and Function / Agnieszka Ruszkowska (IChB) // International Journal of Molecular Sciences - 2021, 22, 4, s. 2176

Artykuł naukowy 140

13.

Nuclear RNA Regulation by XRN2 and XTBD Family Proteins / Ilkin Aygün, Takashi Miki (IChB) // Cell Structure and Function - 2021, 46, 2, s. 73-78

Artykuł naukowy 70

14.

Structure and Oligonucleotide Binding Efficiency of Differently Prepared Click Chemistry-Type DNA Microarray Slides Based on 3-Azidopropyltrimethoxysilane / Mikołaj Lewandowski, Marcin Chmielewski (IChB), Hieronim Maciejewski, Łukasz Kościński, Tomasz Ratajczak, Stefan Jurga, Emilia Frydrych-Tomczak, Natalia Michalak, Tadeusz Luciński, Agnieszka Ranecka // Materials - 2021, 14, 11, s. 2855

Artykuł naukowy 140

15.

The model structure of the hammerhead ribozyme formed by RNAs of reciprocal chirality / Mariusz Popenda (IChB), Agnieszka Belter (IChB), Eliza Wyszko (IChB), Paweł Skowronek, Joanna Sarzyńska (IChB), Jan Barciszewski (IChB), Dorota Gudanis (IChB), Katarzyna Rolle (IChB), Patrick Perrigue (IChB) // Bioscience Reports - 2021, 41, 1, s. BSR20203424

Artykuł naukowy 70

16.

The Role of RNA Secondary Structure in Regulation of Gene Expression in Bacteria / Agnieszka Chełkowska-Pauszek, Marta Wysocka, Marek Żywicki, Jan Grzegorz Kosiński, Kamilla Bąkowska-Żywicka (IChB), Klementyna Marciniak // International Journal of Molecular Sciences - 2021, 22, 15, s. 7845

Artykuł naukowy 140

17.

Universal and strain specific structure features of segment 8 genomic RNA of influenza A virus—application of 4-thiouridine photocrosslinking / Marta Soszyńska-Jóźwiak (IChB), Julita Piasecka, Jake M. Peterson, Maciej Pszczola, Katarzyna Taras-Goslinska, Walter N. Moss, Elżbieta Kierzek (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Journal of Biological Chemistry - 2021, 297, 6, s. 101245

Artykuł naukowy 100

18.

A new look at two polymorphic crystal structures of dibenzoylmethane: relationship between the crystal packing and the hydrogen atom position revealed by quantum chemistry and quantum crystallography methods / Michal Tomczyk, Jakub Wladyslaw Strawa, Magdalena Gaweł, Krzysztof Brzeziński (IChB), Sławomir Wojtulewski // Acta Crystallographica Section B-Structural Science Crystal Engineering and Materials - 2020, 76, 6, s. 957-966

Artykuł naukowy 140

19.

A new modulated crystal structure of the ANS complex of the St John's wort Hyp-1 protein with 36 protein molecules in the asymmetric unit of the supercell / Janusz Wolny, Radoslaw Strzalka, Mariusz Jaskólski (IChB), Mirosław Gilski (IChB), Joanna Smietanska, Zbigniew Dauter, Joanna Śliwiak (IChB) // Acta Crystallographica Section D-Structural Biology - 2020, 76, 7, s. 653-667

Artykuł naukowy 100

20.

A strong preference for the TA/TA dinucleotide step discovered for an acridine-based, potent antitumor dsDNA intercalator, C-1305: NMR-driven structural and sequence-specificity studies. / Jan Mazerski, Jakub Grynda, Witold Andrałojć (IChB), Tomasz Laskowski, Paulina Gwarda, Zofia Gdaniec (IChB) // Scientific Reports - 2020, 10, 1, s. 11697

Artykuł naukowy 140

21.

Complexity of Brassica oleracea–Alternaria brassicicola Susceptible Interaction Reveals Downregulation of Photosynthesis at Ultrastructural, Transcriptional, and Physiological Levels / Jakub Oliwa, Magdalena Gapińska, Agnieszka Żmieńko (IChB), Violetta Macioszek, Andrzej Skoczowski, Mirosław Sobczak, Andrzej Kiejstut Kononowicz // Cells - 2020, 9, 10

Artykuł naukowy 140

22.

ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes / Mariusz Popenda (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Zok // BMC Bioinformatics - 2020, 21, s. 40

Artykuł naukowy 100

23.

Flexible loops of New Delhi metallo-β-lactamase modulate its activity towards different substrates / Marlena Komorowska, Mariusz Jaskólski (IChB), Barbara Imiołczyk (IChB), Justyna Czyrko-Horczak, Krzysztof Brzeziński (IChB), Joanna Śliwiak (IChB), Joanna Raczyńska // International Journal of Biological Macromolecules - 2020, 158, s. 104-115

Artykuł naukowy 100

24.

Molecular structure of a U•A-U-rich RNA triple helix with 11 consecutive base triples / Zbigniew Dauter, Agnieszka Ruszkowska (IChB), Miłosz Ruszkowski (IChB), Jacob P Hulewicz, Jessica A Brown // Nucleic Acids Research - 2020, 48, 6, s. 3304-3314

Artykuł naukowy 200

25.

New RNA Structural Elements Identified in the Coding Region of the Coxsackie B3 Virus Genome / Mariola Dutkiewicz (IChB), Jakub Kuczynski, Michal Jarzab, Aleksandra Stachowiak, Agata Świątkowska (IChB) // Viruses - 2020, 12, 11, s. 1232

Artykuł naukowy 100

26.

On the Way to Understanding the Interplay between the RNA Structure and Functions in Cells: A Genome-Wide Perspective / Katarzyna Pachulska-Wieczorek (IChB), Małgorzata Zawadzka, Angelika Andrzejewska // International Journal of Molecular Sciences - 2020, 21, 18, s. 6770

Artykuł naukowy 140

27.

Organization of the Influenza A Virus Genomic RNA in the Viral Replication Cycle—Structure, Interactions, and Implications for the Emergence of New Strains / Aleksandra Jarmołowicz (IChB), Julita Piasecka (IChB), Elżbieta Kierzek (IChB) // Pathogens - 2020, 9, 11, s. 951

Artykuł naukowy 100

28.

Pedestal structure, stability and scalings in JET-ILW: the EUROfusion JET-ILW pedestal database / L. Frassinetti, M. Groth, R. Scannell, R. Fridström, P. Bilkova, C. Maggi, Michał Owsiak (PCSS), M. Dunne, P. Bohm, B. Labit, E. De La Luna, J.c. Hillesheim, E. Giovannozzi, G. Verdoolaege, F. Imbeaux, S. Saarelma // Nuclear Fusion - 2020, 61, 1, s. 16001

Artykuł naukowy 140

29.

RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers / Aiming Ren, Olivier Mailhot, Ryszard Adamiak (IChB), Yuanzhe Zhou, Lizhen Sun, Yi Xiao, Barbara L. Golden, Shi-Jie Chen, Andrey Krokhotin, Tomasz Żok, David M. Lilley, Astha Joshi, Andrew M. Watkins, Lin Huang, Jun Wang, Marcin Magnus, Adriana Żyła, Marta Szachniuk (IChB), Joseph D. Yesselman, Zhenzhen Zhang, Feng Ding, Jianxian Wang, Francois Major, Yangwei Jiang, Dong Zhang, Janusz Bujnicki, Eric Westhof, Xiaojun Xu, Yijin Liu, Jakub Wiedemann, Zhichao Miao, Michał J. Boniecki, Mariusz Popenda (IChB), Radoslaw Pluta, Robert T. Batey, Caleb Geniesse, Yi Cheng, Chenhan Zhao, Maciej Antczak (IChB), Paweł Piątkowski, Siqi Tian, Clarence Cheng, Yi Zhang, Thomas H. Mann, Dinshaw J. Patel, Fang-Chieh Chou, Joanna Sarzyńska (IChB), Rhiju Das, Nikolay V. Dokholyan, Peinan Zhao // RNA - 2020, 26, 8, s. 982-995

Artykuł naukowy 140

30.

RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools / Marcin Magnus, Eric Westhof, Maciej Antczak (IChB), Janusz Bujnicki, Yang Cao, Piotr Łukasiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Zhichao Miao, Tomasz Zok, Jakub Wiedemann // Nucleic Acids Research - 2020, 48, 2, s. 576 - 588

Artykuł naukowy 200

31.

RNA Secondary Structure as a First Step for Rational Design of the Oligonucleotides towards Inhibition of Influenza A Virus Replication / Maria Tomaszewska, Marta Szabat (IChB), Dagny Lorent, Tomasz Czapik (IChB), Elżbieta Kierzek (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Pathogens - 2020, 9, 11, s. 925

Artykuł naukowy 100

32.

RNA Secondary Structure Motifs of the Influenza A Virus as Targets for siRNA-Mediated RNA Interference / Barbara Szutkowska (IChB), Marta Soszyńska-Jóźwiak (IChB), Julita Piasecka (IChB), Elżbieta Lenartowicz (IChB), Elżbieta Kierzek (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Molecular Therapy-Nucleic Acids - 2020, 19, s. 627-642

Artykuł naukowy 140

33.

RNAthor – fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis / Katarzyna Pachulska-Wieczorek (IChB), Kacper Figurski, Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok, Julita Gumna (IChB) // PLoS ONE - 2020, 15, 10, s. e0239287

Artykuł naukowy 100

34.

S-adenosyl-l-homocysteine Hydrolase: A Structural Perspective on the Enzyme with Two Rossmann-Fold Domains / Krzysztof Brzeziński (IChB) // Biomolecules - 2020, 10, 12, s. 1682

Artykuł naukowy 100

35.

The Crystal Structure of a Streptomyces thermoviolaceus Thermophilic Chitinase Known for Its Refolding Efficiency / Piotr H. Malecki, Wojciech Rypniewski (IChB), Constantinos E. Vorgias, Magdalena Bejger (IChB) // International Journal of Molecular Sciences - 2020, 21, 8, s. 2892

Artykuł naukowy 140

36.

A Disease-Causing Intronic Point Mutation C19G Alters Tau Exon 10 Splicing via RNA Secondary Structure Rearrangement / Jolanta Lisowiec-Wąchnicka (IChB), Jiahao Shi, Alan Ann Lerk Ong, Mun Leng Lye, Jiazi Tan, Lixia Yang, Gang Chen, Zhensheng Zhong, Xavier Roca, Shiyi Liu, Ryszard Kierzek (IChB) // Biochemistry - 2019, 58, 12, s. 1565-1578

Artykuł naukowy 100

37.

A Short Chemically Modified dsRNA-Binding PNA (dbPNA) Inhibits Influenza Viral Replication by Targeting Viral RNA Panhandle Structure / Kiran M. Patil, Dahai Luo, Desiree-Faye Kaixin Toh, Gang Chen, Julita Piasecka (IChB), Alan Ann Lerk Ong, Lixia Yang, Subaschandrabose Rajesh Kumar, Louis Zimmermann, Hui Yee Yong, Zhiyu Shu, Mookkan Prabakaran, Jean-Luc Decout, Elżbieta Kierzek (IChB), Manchugondanahalli S. Krishna // Bioconjugate Chemistry - 2019, 30, 3, s. 931-943

Artykuł naukowy 100

38.

Comparative benchmarking of HPC systems for GSS applications: GSS applications in the HPC ecosystem / Damian Kaliszan, Michael Gienger, Sebastian Petruczynik, Sergiy Gogolenko, Steffen Fürst, Norbert Meyer (PCSS) // W: Proceedings of International Conference on High Performance Computing in Asia-Pacific Region (HPCAsia2019), 2019 - s. 43-52

Rozdział w monografii naukowej / referat 70

39.

Crystal structures of aminotransferases Aro8 and Aro9 from Candida albicans and structural insights into their properties / Kamila Rząd, Wojciech Rypniewski (IChB), Agnieszka Kiliszek (IChB), Iwona Gabriel, Sławomir Milewski // Journal of Structural Biology - 2019, 205, 3, s. 26-33

Artykuł naukowy 100

40.

Crystal structures of plant inorganic pyrophosphatase, an enzyme with a moonlighting autoproteolytic activity / Kamil Szpotkowski (IChB), Michał Sikorski (IChB), Mariusz Jaskólski (IChB), Marta Grzechowiak (IChB), Miłosz Ruszkowski (IChB), Joanna Śliwiak (IChB) // Biochemical Journal - 2019, 476, 16, s. 2297-2319

Artykuł naukowy 100

41.

Enabling FAIR research in Earth Science through research objects / Francesco De Leo, Elisa Trasatti, Melissa A. Genazzio, Sergio Albani, Raul Palma (PCSS), Timothy Aldridge, Daniel Crawl, Michele Lazzarini, Andres Garcia-Silva, Vito Romaniello, Mirko Albani, Cristiano Silvagni, Fulvio Marelli, Fran Boler, Simone Mantovani, Jose Manuel Gomez-Perez, Christine Laney, Helen M. Glaves, Stefano Salvi, Hazel J. Napier, Federica Foglini, Marcin Krystek (PCSS), Valentina Grande, Charles Meertens, Ilkay Altintas, Rosemarie Leone, Henry W. Loescher // Future Generation Computer Systems-The International Journal of eScience - 2019, 98, s. 550-564

Artykuł naukowy 140

42.

Evidence for Reagent-Induced Spin-State Switching in Tripodal Fe(II) Iminopyridine Complexes / Tarik J. Ozumerzifon, Anthony K. Rappé, Matthew P. Shores, Justin P. Joyce, Jacek Kolanowski (IChB), Robert F. Higgins // Inorganic Chemistry - 2019, 58, s. 7785-7793

Artykuł naukowy 140

43.

Goth migration induced changes in the matrilineal genetic structure of the central-east European population / Luiza Handschuh (IChB), Piotr Kozłowski (IChB), Anna Juras, Hanna Kóčka-Krenz, Andrzej Michałowski, Marek Figlerowicz (IChB), Janusz Piontek, Wioletta Nowaczewska, Ireneusz Stolarek (IChB) // Scientific Reports - 2019, 9, s. 1-14

Artykuł naukowy 140

44.

Length and secondary structure of the 5′ non-coding regions of mouse p53 mRNA transcripts - mouse as a model organism for p53 gene expression studies / Joanna Szpotkowska (IChB), Jerzy Ciesiołka (IChB), Agata Świątkowska (IChB) // RNA Biology - 2019, 16, 1, s. 25-41

Artykuł naukowy 100

45.

Multiscale modeling of influenza A virus replication in cell cultures predicts infection dynamics for highly different infection conditions / Sascha Young Kupke, Udo Reichl, Daniel Rüdiger, Paweł Zmora (IChB), Tanja Laske // PLoS Computational Biology - 2019, 15, 2, s. e1006819

Artykuł naukowy 140

46.

Needle-like structures discovered on positively charged lightning branches / Marian Soida, Robert Pękal (PCSS), Oliver Scholten, Hanna Rothkaehl, Brian M. Hare // Nature - 2019, 568, 7752, s. 360-363

Artykuł naukowy 200

47.

Retroviral-like determinants and functions required for dimerization of Ty1 retrotransposon RNA / Hyo Won Ahn, David J. Garfinkel, Katarzyna Pachulska-Wieczorek (IChB), Katarzyna Purzycka (IChB), Julita Gumna (IChB) // RNA Biology - 2019, 16, 12, s. 1749-1763

Artykuł naukowy 100

48.

RNApolis: computational platform for RNA structure analysis / Marta Szachniuk (IChB) // Foundations of Computing and Decision Sciences - 2019, vol. 44, no. 2, s. 241-257

Artykuł naukowy 20

49.

RNA Secondary Structure-Based Design of Antisense Peptide Nucleic Acids for Modulating Disease-Associated Aberrant Tau Pre-mRNA Alternative Splicing / Jean-Luc Decout, Malini Bhadra, Mei Sian Chong, Kiran M. Patil, Xavier Roca, Jiazi Tan, Gang Chen, Clément Dezanet, Alan Ann Lerk Ong, Ryszard Kierzek (IChB) // Molecules - 2019, 24, 16, s. 3020

Artykuł naukowy 100

50.

RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs / Agnieszka Rybarczyk (IChB), Jacek Błażewicz (IChB), Maciej Antczak (IChB), Marcin Zabłocki, Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok // Bioinformatics - 2019, vol. 35, iss. 1, s. 152-155

Artykuł naukowy 200

51.

Secondary structure of the segment 5 genomic RNA of influenza A virus and its application for designing antisense oligonucleotides / Paula Michalak, Barbara Szutkowska (IChB), Marta Soszyńska-Jóźwiak (IChB), Edyta Biała, Julita Piasecka (IChB), Walter N. Moss, Elżbieta Lenartowicz (IChB), Elżbieta Kierzek (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Scientific Reports - 2019, 9, s. 3801

Artykuł naukowy 140

52.

Small Molecule Rescue and Glycosidic Conformational Analysis of the Twister Ribozyme / Kyle J. Messina, Matthew A. Tracey, Philip C. Bevilacqua, Ryszard Kierzek (IChB) // Biochemistry - 2019, 58, 48, s. 4857-4868

Artykuł naukowy 100

53.

Specific interaction of zinc finger protein Com with RNA and the crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com / Grzegorz Lach, Janusz Bujnicki, Martyna Nowacka, Humberto Fernandes, Agnieszka Kiliszek (IChB), Agata Bernat // PLoS ONE - 2019, 14, 4, s. e0214481

Artykuł naukowy 100

54.

Structural basis of methotrexate and pemetrexed action on serine hydroxymethyltransferases revealed using plant models / Bartosz Sekula, Isabel Nogues, Agnieszka Ruszkowska, Zbigniew Dauter, Miłosz Ruszkowski (IChB), Sebastiana Angelaccio, Andrzej Szczepaniak, Roberto Contestabile // Scientific Reports - 2019, 9, s. 19614

Artykuł naukowy 140

55.

Structural Stability of the Anticodon Stem Loop Domains of the Unmodified Yeast and Escherichia coli tRNAPhe: Differing Views from Different Force Fields / Indrajit Deb, Lennart Nilsson, Ansuman Lahiri, Joanna Sarzyńska (IChB) // ACS Omega - 2019, 4, 2, s. 3029-3044

Artykuł naukowy 70

56.

Studies on structure of kinetin riboside and its analogues by variable-temperature NMR / Tomasz Ostrowski (IChB), Daniel Baranowski (IChB), Grzegorz Framski (IChB), Eliza Wyszko (IChB) // Journal of Molecular Structure - 2019, 1195, s. 110-118

Artykuł naukowy 70

57.

The regulation properties of RNA secondary structure in alternative splicing / Jolanta Lisowiec-Wąchnicka (IChB), Natalia Bartyś (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Biochimica et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms - 2019, 1862, 11-12, s. 194401

Artykuł naukowy 140

58.

Topology-based classification of tetrads and quadruplex structures / Tomasz Zok, Mariusz Popenda (IChB), Joanna Miskiewicz, Marta Szachniuk (IChB), Joanna Sarzyńska (IChB) // Bioinformatics - 2019, 36, 4, s. 1129-1134

Artykuł naukowy 200

59.

X-ray and NMR structural studies of the series of porphyrazines with peripheral pyrrolyl groups / Wojciech Szczolko, Jadwiga Mielcarek, Tomasz Gośliński, Ewa Tykarska, Anna Teubert (IChB), Tomasz Koczorowski, Lukasz Sobotta, Barbara Wicher, Maria Gdaniec, Józef Korecki, Kvetoslava Burda // Inorganica Chimica Acta - 2019, 484, s. 368-374

Artykuł naukowy 70

60.

A Dimeric 2,9-Diamino-1,10-phenanthroline Derivative Improves Alternative Splicing in Myotonic Dystrophy Type 1 Cell and Mouse Models / Katarzyna Taylor, Masayuki Nakamori, Jun Matsumoto, Kazuhiko Nakatani, Asako Murata, Jinxing Li, Agnieszka Kiliszek (IChB), Chikara Dohno, Krzysztof Sobczak // CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL - 2018, 24, 68, s. 18115-18122

Artykuł naukowy 40

61.

A mosaic genetic structure of the human population living in the South Baltic region during the Iron Age / Małgorzata Marcinkowska-Swojak (IChB), Luiza Handschuh (IChB), Piotr Kozłowski (IChB), Anna Juras, Hanna Kóčka-Krenz, Marek Figlerowicz (IChB), Artur Dȩbski, Janusz Piontek, Michał Zeńczak (IChB), Anna Philips (IChB), Ireneusz Stolarek (IChB) // Scientific Reports - 2018, 8, s. 2455

Artykuł naukowy 40

62.

Crystal Structure of Mistletoe Lectin I (ML-I) from Viscum album in Complex with 4-N-Furfurylcytosine at 2.85 Å Resolution / Wojciech Markiewicz (IChB), Sven Falke, Markus Perbandt, Malik S. Ahmad, Jan Barciszewski (IChB), Binish Khaliq, Christian Betzel, Muhammad I. Choudhary, Saima Rasheed // Medicinal Chemistry - 2018, 14, 8, s. 754-763

Artykuł naukowy 20

63.

Form confers function: Case of the 3’X region of the hepatitis C virus genome / Mariola Dutkiewicz (IChB), Jerzy Ciesiołka (IChB) // World Journal of Gastroenterology - 2018, 24, 30, s. 3374-3383

Artykuł naukowy 25

64.

INDIGO-DataCloud: a Platform to Facilitate Seamless Access to E-Infrastructures / C. Duma, R. Bruno, G. Moltó, S. Vallero, M. Hardt, D. Salomoni, L. Lloret, D. Davidovic, Z. Kurkcuoglu, A. Ceccanti, M. Tangaro, M. Antonacci, S. Bagnasco, Michał Urbaniak, B. Ertl, J. Martins, Marcin Płóciennik (PCSS), F. Zambelli, P. Orviz, Z. Sustr, V. Zaccolo, S. Fiore, A. López-García, J. Marco De Lucas, Tomasz Żok, I. Campos, M. David, L. Matyska, A. Nuzzo, F. Aguilar, P. Nassisi, J. Gomes, L. Alves, R. Barbera, M. Fargetta, B. Wegh, E. Cetinic, A. M. J. J. Bonvin, L. A. Antonelli, S. Gallozzi, A. Costa, M. Viljoen, L. Gaido, E. Sciacca, P. Fuhrman, J. Pina, P. Solagna, I. Blanquer, L. Dutka, D. Spiga, C. Palazzo, G. Donvito, Y. Chen // Journal of Grid Computing - 2018, 16, 3, s. 381-408

Artykuł naukowy 35

65.

Metal-cation regulation of enzyme dynamics is a key factor influencing the activity of S-adenosyl-l-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa / Mariusz Jaskólski (IChB), Barbara Imiołczyk (IChB), Justyna Czyrko-Horczak, Krzysztof Brzeziński (IChB), Zofia Gdaniec (IChB), Joanna Śliwiak (IChB) // Scientific Reports - 2018, 8, s. 11334

Artykuł naukowy 40

66.

Modified RNA triplexes: Thermodynamics, structure and biological potential / Marta Szabat (IChB), Elżbieta Kierzek (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Scientific Reports - 2018, 8, s. 13023

Artykuł naukowy 40

67.

New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures in dot-bracket notation / Maciej Antczak (IChB), Mariusz Popenda (IChB), Michał Żurkowski, Ryszard Adamiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok // Bioinformatics - 2018, 34, 8, s. 1304-1312

Artykuł naukowy 45

68.

Protein–peptide docking: opportunities and challenges / Andrzej Koliński, Maciej Paweł Ciemny, Ora Schueler-Furman, Karol Kamel (IChB), Mateusz Kurciński, Nawsad Alam, Sebastian Kmiecik // Drug Discovery Today - 2018, 23, 8, s. 1530-1537

Artykuł naukowy 45

69.

PSNC advanced multimedia and visualization infrastructures, services and applications / Mauricio Alvarez Mesa, Artur Binczewski (PCSS), Maciej Stróżyk (PCSS), Bogdan Ludwiczak (PCSS), Krzysztof Kurowski (PCSS), Miłosz Ciżnicki (PCSS), Maciej Głowiak (PCSS) // W: Proceedings of the 23rd International ACM Conference on 3D Web Technology: Association for Computing Machinery (ACM), 2018

Rozdział w monografii naukowej 20

70.

Recent EUROfusion Achievements in Support of Computationally Demanding Multiscale Fusion Physics Simulations and Integrated Modeling / D. C. Mcdonald, F. Iannone, F. Imbeaux, S. Heuraux, D. Kaljun, Daniel Figat, T.-M. Tran, Bartosz Palak (PCSS), X. Sáez, F. Da Silva, K. S. Kang, T. Ribeiro, A. Gutierrez-Milla, R. Hatzky, D. Coster, T. B. Fehér, M. Martone, Marcin Płóciennik (PCSS), G. Bracco, L. Fleury, G. Manduchi, O. Hoenen, M. Hölzl, S. D. Pinches, J. David, C. Vouland, T. Aniel, H. Leggate, V. Pais, E. Rossi, F. Robin, D. Yadykin, Michał Owsiak (PCSS), R. Kamendje, J. Hollocombe, S. Mochalskyy, J. Signoret, A. Maslennikov, J. Noé, D. Tskhakaya, I. Voitsekhovitch // Fusion Science and Technology - 2018, 74, 3, s. 186-197

Artykuł naukowy 20

71.

RNAfitme: a webserver for modeling nucleobase and nucleoside residue conformation in fixed-backbone RNA structures / Maciej Antczak (IChB), Mariusz Popenda (IChB), Ryszard Adamiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Maciej Osowiecki, Tomasz Żok // BMC Bioinformatics - 2018, 19, s. 304

Artykuł naukowy 35

72.

RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation / Jacek Błażewicz (IChB), Michał Żurkowski, Maciej Antczak (IChB), Mariusz Popenda (IChB), Ryszard Adamiak (IChB), Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok // Nucleic Acids Research - 2018, 46, s. W30-W35

Artykuł naukowy 40

73.

Sorghum CCoAOMT and CCoAOMT-like gene evolution, structure, expression and the role of conserved amino acids in protein activity / Jan Podkowiński (IChB), Marek Figlerowicz (IChB), Iwona Femiak, Magdalena Alejska (IChB), Magdalena Rakoczy (IChB) // Molecular Genetics and Genomics - 2018, 293, 5, s. 1077-1089

Artykuł naukowy 25

74.

Variants of the 5′-terminal region of p53 mRNA influence the ribosomal scanning and translation efficiency / Agnieszka Górska, Jerzy Ciesiołka (IChB), Łukasz Popenda, Paulina Żydowicz-Machtel (IChB), Agata Świątkowska (IChB) // Scientific Reports - 2018, 8, s. 1533

Artykuł naukowy 40

75.

Building Intelligent Future Internet Infrastructures FELIX for Federating Software-Defined Networking Experimental Networks in Europe and Japan / Bartosz Belter (PCSS) // IEEE Systems Man and Cybernetics Magazine - 2017, 3, 4, s. 35-42

Artykuł naukowy 1

76.

Crystal structures of nematode (parasitic T. spiralis and free living C. elegans), compared to mammalian, thymidylate synthases (TS). Molecular docking and molecular dynamics simulations in search for nematode-specific inhibitors of TS / Katarzyna Banaszak, Tomasz Frączyk, Agnieszka Bronowska, Adam Jarmuła, Magdalena Dąbrowska, Piotr Maj, Anna Dowierciał, Joanna Cieśla, Piotr Wilk, Wojciech Rypniewski (IChB), Jan Ludwiczak, Wojciech Rode, Sławomir Filipek, Jakub Jakowiecki // Journal of Molecular Graphics and Modelling - 2017, 77, s. 33-50

Artykuł naukowy 25

77.

Energy optimization methodology for e-infrastructure providers / Ariel Oleksiak (PCSS) // CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE - 2017, 10, 29

Artykuł naukowy 25

78.

Eukaryotic Ribosomal Expansion Segments as Antimicrobial Targets / Natalya N. Degtyareva, Dev P. Arya, Stefany Y. Holguin, Nicholas A. Kovacs, Lizzette M. Gomez Ramos, Michael Y. Hu, Loren Dean Williams, Marcin Biesiada, Anton S. Petrov, Liuwei Jiang, Katarzyna Purzycka (IChB) // Biochemistry - 2017, 56, 40, s. 5288-5299

Artykuł naukowy 25

79.

Influenza virus segment 5 (+) RNA - secondary structure and new targets for antiviral strategies / Walter N. Moss, Marta Soszyńska-Jóźwiak (IChB), Paula Dominika Michalak, Julita Piasecka (IChB), Elżbieta Kierzek (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // Scientific Reports - 2017, 7, s. 15041

Artykuł naukowy 40

80.

LCS-TA to identify similar fragments in RNA 3D structures / Maciej Miłostan, Marta Szachniuk (IChB), Tomasz Żok, Jakub Wiedemann // BMC Bioinformatics - 2017, 18, s. 456-469

Artykuł naukowy 35

81.

Mouse thymidylate synthase does not show the inactive conformation, observed for the human enzyme. / Anna Dowierciał, Tomasz Frączyk, Joanna Cieśla, Adam Jarmuła, Wojciech Rypniewski (IChB), Monika Kowalska, Piotr Wilk, Wojciech Rode // Structural Chemistry - 2017, 28, 3, s. 667–674

Artykuł naukowy 25

82.

Mutations in human AID differentially affect its ability to deaminate cytidine and 5-methylcytidine in ssDNA substrates in vitro / Marek Figlerowicz (IChB), Janusz Bujnicki, Lucyna Budźko (IChB), Karol Kamel (IChB), Joanna Sarzyńska (IChB), Paulina Jackowiak (IChB) // Scientific Reports - 2017, 7, s. 3873

Artykuł naukowy 40

83.

Parallel-stranded DNA and RNA duplexes - structural features and potential applications / Marta Szabat (IChB), Ryszard Kierzek (IChB) // FEBS Journal - 2017, 284, 23, s. 3986-3998

Artykuł naukowy 30

84.

Proof of ion-pair structures in ammonium-based protic ionic liquids using combined NMR and DFT/PCM-based chemical shift calculations / Barbara Górska, Juliusz Pernak, Francois Beguin, Zofia Gdaniec (IChB), Marek Łożyński // Physical Chemistry Chemical Physics - 2017, 19, 36, s. 25033-25043

Artykuł naukowy 40

85.

RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme / F. Major, Robert Batey, X. Xu, Kevin Weeks, Marcin Biesiada, Tomasz Żok, N. V. Dokholyan, Joseph Piccirilli, A. Krokhotin, Dinshaw Patel, Z. Miao, Katarzyna Purzycka (IChB), Alexander Becka, Benfeard Williams, W. Kladwang, Mariusz Popenda (IChB), Ryszard Adamiak (IChB), C. Geniesse, Kalli Kappel, M. Magnus, Maciej Antczak (IChB), T. H. Mann, G. Lach, Y. Xiao, Katarzyna Pachulska-Wieczorek (IChB), Janusz M. Bujnicki, F. C. Chou, Marta Szachniuk (IChB), C. Cheng, Jeremiah Trausch, A. R. Ferre-D'amare, S. J. Chen, S. Tian, S. Dunin-Horkawicz, R. Das, Aiming Ren, J. Wang, F. Ding, Gregorry Rice, M. Boniecki, Joanna Sarzyńska (IChB), John Santalucia, A. Tandon, Dong Zhang, Wayne Dawson, E. Westhof // RNA - 2017, 23, 5, s. 655-672

Artykuł naukowy 35

86.

Structural characteristics of simple RNA repeats associated with disease and their deleterious protein interactions / Karolina Drążkowska (IChB), Włodzimierz Krzyżosiak, Adam Ciesiołka (IChB), Magdalena Jazurek-Ciesiołka (IChB) // Frontiers in Cellular Neuroscience - 2017, 11, s. 97

Artykuł naukowy 35

87.

Structure of Ty1 Internally Initiated RNA Influences Restriction Factor Expression / Agniva Saha, Marcin Biesiada, David J. Garfinkel, Katarzyna Purzycka (IChB), Leszek Błaszczyk (IChB) // Viruses - 2017, 9, 4, s. 74

Artykuł naukowy 30

88.

Structures of RNA repeats associated with neurological diseases / Wojciech Rypniewski (IChB), Agnieszka Kiliszek (IChB), Leszek Błaszczyk (IChB) // Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA - 2017, 8, 4, s. e1412

Artykuł naukowy 35